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プライマー設計について

1 :名無しの設計者:03/11/21 02:09
プライマー設計のできるWINのソフトってなにかあるんでしょうか?
WEBの奴ではなくてソフトでですが.探してみても見つからない・・・
ラボの連中はみんなMACだから,使えないし・・・
情報モトむ

2 :名無しゲノムのクローンさん:03/11/21 02:12
genetixがいーよ

3 :名無しゲノムのクローンさん:03/11/21 05:40
気に入ったのがないなら、自分で書いた方が早いよ。

4 :名無しゲノムのクローンさん:03/11/21 06:42
ソフトウェアは使わないで、配列見ながら自分でデザインしようよ。

5 :名無しゲノムのクローンさん:03/11/21 06:44
そんなん適当や


6 :名無しゲノムのクローンさん:03/11/21 06:48
設計も何も20個前後の「決まった」配列に何をそんなに・・・

7 :名無しゲノムのクローンさん:03/11/21 13:52
EBIあたりのftpサイトにWin用のソフトもあるのではないかと思うが。

しかし、Mac版でもソフト持ってる奴に使わせてもらえばいいだけじゃ
ないのか?


8 :名無しゲノムのクローンさん:03/11/21 18:19
ソフト使わなくても適当なところで決めてうまくいってるが。

9 :名無しゲノムのクローンさん:03/11/22 02:33
>>2
win版もあるんだ。でもごく少数の窓使いのためにはラボで買ってくれないだろ。

10 :名無しゲノムのクローンさん:03/11/22 03:14
>>1
適当な位置を決めて手作業で配列書いて仕舞い。

11 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/19 16:51
primer3タダ以上。

12 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/20 00:42
完全手作業だな。
適当な配列選んでホモロジー検索する。
比率はあまり考えてないなあ。
非特異的/誤アニールの経験もないし。

13 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/20 03:58
そんなことにダラダラ時間遣ってないで、とりあえず適当に設計してみて、それを注文する!実験してみる!それでだめなら設計やりなおす。
ウダウダ考えるようなところじゃないだろう。

14 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/20 06:49
>>13
そのやり方が、一番時間を無駄にしてるのが分からんか?

15 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/20 06:56
目的によるね。 ゲノムからピュアなバンドを得たいのなら相同性検索もやったほうがいいかも。
あとね、CG配列はレアであることを利用したりしますね。プライマの先端がcgにくるように。。
今なら安いから、何種類か注文・トライすれば早いね

16 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/20 07:30
>CG配列はレアであることを利用したりしますね。

どこがレア?

17 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/20 07:42
でもアレだ
CGを3末に持ってくると
ダイマーを作りやすいよ


18 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/20 13:30
3'末にはAかTにしたほうがノンスペが減る、って本当?

19 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/22 03:15
適当な位置を決めて手作業、これ最強。

20 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/22 03:37
他の方法を試してみた結果で言ってるなら、いいけど。
その低能手法しか導入できなかったくせに、そんなことを
いうのは、どーか?

21 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/24 03:04
ソフトがどうのこうの言うより、手作業で書いてみて発注
→うまくいかなかったらやり直せばいい

22 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/24 08:01
制限酵素部位をつけたときは、5末側をどのくらい伸ばしてる?

23 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/24 09:34
もちろん、酵素によりけりだ

24 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/24 17:34
認識部位の5末+1のみ

25 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/24 19:53
primer3でいい

26 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/24 23:07
primer3サイコー


27 :名無しゲノムのクローンさん:03/12/27 20:37
コドン表は欠かせんな


28 :名無しゲノムのクローンさん:04/03/17 22:53
プライマーって設計者が好きな名前つけていいんだよな。
なんか変な名前付けてるヤシいない?

29 :名無しゲノムのクローンさん:04/03/17 23:21
コドンはすべてのアミノ酸についてすべての組み合わせを暗記してる

30 :名無しゲノムのクローンさん:04/03/18 00:10
何のために?

31 :名無しゲノムのクローンさん:04/03/20 01:54
genetyxは、なんか出てくるTm値がヘン・・・・・・・・・・・・・

32 :名無しゲノムのクローンさん:04/03/20 18:19
>>30
頭使っとかないとボケるから

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