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VASPスレッド1

1 :VASPさん:03/12/05 18:13 ID:Zn6X0+lI
VASPを卒論のテーマにしてしまったんだけど
使い方がさっぱりわからん
教えてエロイ人!!

2 :Air4th ◆xWn.OsrdWE :03/12/05 18:13 ID:+N4acAbB
何それ?2げと

3 :VASPさん:03/12/05 18:20 ID:???
VASPはWien大学Hafner教授のグループが開発した第一原理計算ソフトウェアである。ポテンシャルは超ソフト擬ポテンシャルであり、最新バージョンでは全電子計算に近い結果が得られるPAW法もサポートしている。
だってさ・・・
半導体のバンドギャップやら 最適な格子定数がもとめられるらすい
ちなみにマニュアル
ttp://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/vasp.html
HPはここ
ttp://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/

4 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/05 18:42 ID:1+x5Tdxl
そもそも卒論で入って
VASPが研究室にすでにあった時点で、
周りの誰かが使い方を知っているのではないか。
ちなみに私はMD社が出しているMedeA経由で使っているので、
使い方を覚えるのは簡単でした。

5 :VASPさん:03/12/05 18:58 ID:Zn6X0+lI
>4
MedeAってはじめて聞いたなぁ〜
それは入力ファイル作成のサポートソフト?
ただなら つかってみたい・・・が
VASPの出力ファイルのマニュアルの日本語訳とか
ってどっかにないかなぁ・・

6 :WIEN3K:03/12/05 19:08 ID:???
MedeAはたしかVASPとLASWにGUIが付いて
企業が買う場合一千万するとか聞いたが...
うちの会社では買ってもらえなかったよ。
仕方ないから自作するはめに。


7 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/05 19:20 ID:???
VASPはpseudo potentialが自作できないらしい
(pseudo potentialが無い元素は、Vienna大に特注するようだ)
から、ご注意。


8 :VASPさん:03/12/05 19:34 ID:Zn6X0+lI
CdSe(Wulzite)をマニュアルと見よう見まね
でやってみたらバンドが25本でてきたyp
8本よねぇ 普通・・・・
今日は帰ろう
それからうちの研究室にはMedeA
はなかったよ。
>7
thanks
でも何のことか理解できない漏れにorz


9 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/05 23:28 ID:S9wRvmA1
Abinitっていうフリーソフトつかって
みたら? けっこういいよ。

10 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/06 03:01 ID:zzfZicvP
abinit ユーザーがいた!
わーい。


11 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/06 03:21 ID:hgnePGX3
>>11
あなたもAbinitユーザ? よろしこ。
どんな計算していますか?

12 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/06 03:59 ID:hgnePGX3
売り物のVASPとABINITの比較って
誰かしてくれませんか? 
僕はABINITしかしらないです。

13 :VASPさん:03/12/06 05:39 ID:QZI9wHDm
Abinitおんなじ物質でVASPと比較しながら やってみるとおもしろいかもなぁ 多分入力ファイルとか一緒の使えそうだし、ちょっとダウンロードしてみるよ〜

14 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/06 13:12 ID:zzfZicvP
VASP : GGA-PAWを使える
ABINIT : 基本的には LDA-norm conserving PP
     (GGAなどは一部の原子について公開されている。
     他は、FHIコードなどで自分で作らないといけません。
     GGA-PAWも徐々に使えるようになっているみたいです。)

さすがに有料ソフトだけあって、
シングルポイント計算で比べると、VASPの方が速い。
構造最適化はVASPのほうが圧倒的に上手。
速いのはPAWで平面波のカットオフエネルギーを
小さくできるのが効いてると思う

ちなみに入力ファイルは全然違うよ。
ABINITのほうが、分かりやすい。


15 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/06 16:37 ID:hgnePGX3
構造最適化がVASPが上手いってのは
どういう点でしょう。
僕はVASPを使ったことがないので
ぜひ知りたいです。
とにかく収束しやすいのですか?

16 :14:03/12/06 16:47 ID:CN0lzfRF
差がはっきりと分かるのは、
格子サイズ(a b c軸長など)の最適化です。
収束しやすいです。

17 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/06 18:39 ID:???
VASP
FHI98md
ABINIT
CASTEP
PHASE・STATE(和製)
OSAKA2000(和製)
などなと
どれが優秀なのか議論しよう。

18 :VASPさん:03/12/06 22:50 ID:QZI9wHDm
すまんそ よく見たら
シミュレート板があったのね
内容的にそっちっぽいので
そっちに移動するね

ttp://science2.2ch.net/test/read.cgi/sim/1070718487/

19 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/07 05:30 ID:UHJff6GL
>>8
input fileでバンドの本数とか指定してない?
まぁoutput fileでfermi準位が出てるから多く出てても無問題だと思われ・・・

20 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/07 08:15 ID:???
oh,yeah!

21 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/07 22:36 ID:dpSp72na
>> 16 あ、そういやABINITでやってみたら(体積は一定)
収束しなかったんだな。あと、VASPコードについている
ELASTIC BAND MEDHOD っていったいどういうものですか?
なんか拡散とかを計算するときに便利なようですが。

22 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/07 22:49 ID:dpSp72na
それと、コード自体VASPって読みやすいんでしょうか?
ABINITなんてずいぶんしっかりしたコード書いているな
って思ったんですけど。

23 :VASPさん:03/12/08 15:16 ID:cNfiAHSg
>19
なるほどINCARでバンドの本数指定できるのね・・・
まだINCARファイルのマニュアル全部読めてなくて

CdSeのWulziteだと4つの原子で計算することになるけど
合計16個の荷電子が存在するからバンドは16本出て
くるのかな・・・?

24 :VASPさん:03/12/09 12:39 ID:nx/ZS8AB
VASPのマニュアルが読むの
面倒なひとはここちょっといい
かなと思ったよ。(まぁ自分以外はいないと思うけど)
ttp://www.aki.che.tohoku.ac.jp/~tsukidate/index-list.html
入力ファイルと出力ファイルの説明が分かりやすくでてる
細かいところをマニュアルで補足していけば使いこなせて
いけそう。

25 :16:03/12/10 02:46 ID:x/G5qDbd
>20
基底状態のトータルエネルギー計算とかなら
上はそんなに必要ないのでは?

26 :VASPさん:03/12/10 04:04 ID:JY/nirKY
バンドギャップをもとめてるんだけど・・・
VASPってバンドギャップは正確にはでて
こないらしいね(だいたい1/2になるみたい)

CdS(Wulzite)4×4×4をいまやってるんだけど
(原子256個)無理っぽいわ・・・・
メモリが足りないのかしら・・・
POSCARファイル作るの大変だったのに・・



27 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/10 23:34 ID:4MKDo8Vw
>>26 他のコードでもバンドギャップを正確に出すのは
難しいよ。そもそもLDAの限界もあるし。

28 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/20 14:18 ID:o9f1E8Ue
>>8
VASPスレなんてあったのか…。それはともかく、CdSeの計算例なんてマニュアルにはなかったと
思うが。まあVASPの英文マニュアルは結構いいこと書いてあるから読んでおいて損はないね。

29 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/23 20:24 ID:DQR7HRu0
スレ立てた卒論生は、無事にVASPを使いこなせているのでしょうか。

30 :VASPさん:03/12/27 04:28 ID:t7w5jBeO
無事に使いこなせてるような こなせてないような・・
INCARファイルの中の
ISTART = 1
で設定した時 CONTCARファイルの中の
原子位置をつかって計算をスタートする
見たい事をかいてたので

一回目
ISTART=0で普通に計算

2回目
ISTART=1で計算したら
計算時間は短くなってもいいような
気がするんだけど実際は時間
が余計にかかってた・・・
WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL
ってでるから WAVECARファイルは出力しとかないと だめなのかな・・
どなたか アドバイスをお願いします・・


31 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/27 18:03 ID:???
ヘルプでISTART=1や2に関する記述を見ると、
"Continuation job -- read wave functions from the file WAVECAR"
って書いてあるから、WAVECARファイルを出力するようにしておくことは必須ですよ。

でもどうして続きの計算をやらなくちゃいけないの?もしかしてバックグラウンドで走らせておく
という技をしらない?

csh系を使っている場合には sh Enterとやってsh系(またはbash)にしておいて、
$ nohup vasp & Enter
と、最後に&を入れるのを忘れずにnohupで起動しておけば、nohup.outにログ
を出力するよというメッセージが出て、裏でタスクが走る。終わったことをしりたかったら、
スクリプトを書いておいて、最後に
echo "finished" > mail hogehoge@hoge.vodafone.ne.jp
とでも入れておけば、ジョブが終了したらケータイに連絡が入るよ。

32 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/28 11:41 ID:oXR+YKJM
共役方向法でも収束しないときは、
一回切って再計算した方がよいらしい。


33 :ご冗談でしょう?名無しさん:03/12/28 14:23 ID:???
>>32
それはIALGO=48でなかなか収束しないときはIALGO=38でやるべきって意味?

34 :32:03/12/28 21:32 ID:oXR+YKJM
CGは一回調べた方向は二度と調べない
ためだそうです。
OSAKA2000 のマニュアルに書いてありました。

35 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/06 02:39 ID:hXZZGrfD
こんなスレがあったんだね・・・

俺はExamplesというところにある、
「Surface calculations」の「bulk calculation」というのをしているんだけど
何か「wrap around error」が出ないように計算しないといけない。
vaspで計算を始めるとほとんどといって良いほどこのエラーが出るのかな。
でもこの計算ではこれを消さないといけないのよね。

とは言ってもかなり使い方が難しい・・・・・本当に誰か教えて欲しいですよ(泣)
>>24
何だか便利なサイトだねw



あ〜あ・・・
結構疲れますわ・・これ。

36 :35:04/01/06 02:45 ID:hXZZGrfD
というか、誰かNGXを変更する方法を知っておられる方いますか?


37 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/06 12:10 ID:???
>>36
INCARファイルでNGX=31とか指定する。NGXはINCARファイルのパラメータ。

38 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/06 12:11 ID:???
>>36
だいたいそういうのは先生に聞いてみたら?

39 :35:04/01/06 16:21 ID:hXZZGrfD
>>37
アドバイスどうもありがとうございます(ペコリ)
ただ、それをするとエラーが発生するんですよ(泣)
↓以下がそれです
[*******]$ ./vaspa
vasp.4.6.12 27Jun03 complex
POSCAR found : 1 types and 2 ions


Input/Output Error 152: File does not exist

In Procedure: pseudo..rd_pseudo
At Line: 158

Statement: OPEN
Unit: 10
File: POTCAR
[*******]$
ファイルが存在しないって・・・Σ( ̄□ ̄;)


結局、NGXは変化させずK-pointsを増加させることによって
wrap around errorは回避できたッぽいですが・・・教授からNGXの値も変化させるとか聞いていたので不安です・・・


>>38
それが・・そういう状況でもなくて(泣)
他の事はちょくちょく教えていただきましたし。

40 :35:04/01/06 16:32 ID:hXZZGrfD
すみません。
39のエラーメッセージは私の勘違いでした。
POTCARファイルを用意していませんでした・・・・・

再度行ってみたところ
↓以下のようなエラーが出ました
[******]$ ./vaspa
vasp.4.6.12 27Jun03 complex
POSCAR found : 1 types and 2 ions
Error reading item 'NGX' from file INCAR.
Error code was IERR=5 ... . Found N= 0 data.
[******]$

う〜む、マニュアルでも見てみるか・・・

41 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/06 18:00 ID:???
>>40
sage進行でお願いします。

どんなINCARファイルを書いたのかが問題なのに、それを示していなかったらアドバイス
も受けられないよ。

こういうエラーに対しては、例えば1行に複数のパラメータを書いてあったりしたら、
それを1行ずつに書き直すとかして少しずつ原因を追求するしかないです。


42 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/06 18:03 ID:???
>>41
あと、最近はsourceforgeでvaspviewっていうソフトが公開されているので、使ってみたら。
このプログラムはELFCARファイルを使ってvaspの計算結果を表示します。ELFCAR
ファイルはデフォルトでは出力されないので、INCARファイルに"LELF = .TRUE."っていう
行を入れることをお忘れなく。

43 :35:04/01/06 18:52 ID:???
>>41
>>42
どうもありがとうございます。
失敗したときのINCARファイルの中身は

System = ****

ISMEAR = -5
PREC = High
NGX = **

となっています。


取り合えず今はk-pointsを増加させて何度か計算を行っているところなんです。
エラーは回避しているのでひとまずはこれで試してみようかと・・。
取り合えずtetrahedron methodを用いて計算しています。

44 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/07 22:42 ID:???
>>43
どこがまちがっていたのかさっぱりわからんがまあいいか。
数字を漢字で書いてたりでもしたんだろうな。

45 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/07 23:22 ID:???
>>44
というかNGXはINCARでは指定できないぞ?何言ってんだ
無知だから分からないのは当たり前

46 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/07 23:57 ID:???
>>45
In VASP.4.X all parameters are determined during runtime, either defaults are used - Sec. 7.7 or 6.1 - or NGX etc. are read from the INCAR file, see Sec. 7.2).

47 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/08 01:19 ID:???
>>45
は、はずかしいやつ。

48 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/29 18:20 ID:Riq15yQB
auto meshの種類のなかにある
Monkhorst-packってなんなんでしょ?


age

49 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/30 02:16 ID:ZsHpto8Z
特殊点法のMonkhost-Packのことでしょう。
PRB 13,5188(1976).

50 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/01/31 01:17 ID:???
すっごいくだらないこと教えてくれ。
俺は初心者だが、k点のシフトってどういう場合に
指定すればいいんだ? Monkhost-Packってのが関係するのか??

51 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/02/01 02:14 ID:2mzBxeKD
>>50
Monkhost-Pack タイプのやりかたが標準みたいですが、
FCCやBCCなんかだと別のk点シフトの方が良いこともあるらしい。
自動でやってくれるし、
あんまり気にしないようにしてます。


52 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/02/19 16:51 ID:???
おまえ等全員

53 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/03/15 02:09 ID:???
みなさんどれくらいのスペックのマシンで計算していますか?
計算している系と条件、計算時間も付けて頂けるとありがたいです。

54 :ご冗談でしょう?名無しさん:04/03/31 14:50 ID:???
>>53
そんな身元が割れるようなレスつけるわけがない。

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